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Le mécanisme de plugin est particulier et a été stabilisé depuis la version 1.0.0, mais l'instabilité d'un plugin peut entacher celle de toute l'application. Les plugins sont à utiliser avec précaution.
Ces plugins n'ont en général pas d'action direct. Ils permet d'ouvrir une base non reconnu par défaut par Pilot-DB. Ces pilotes seront plus ou moins sophistiqués, certains ne peuvent pas créer de nouvelle base ou modifier la structure. D'autres peuvent aussi interdire la création de fiches. Il est conseillé de lire la documentation fournie avec le plugin.
Ces plugins permettent d'ajouter une fonctionnalité à l'interface de Pilot-DB, comme l'utilisation d'un lecteur code bare ou le transfert d'une base sur une carte mémoire.